2017年末，分局机关内设科（室）19个：政治处、纪委、机关党委、督察大队、办公室、法制大队、警务保障室、国内安全保卫大队、经济犯罪侦查大队、刑侦大队、治安大队、禁毒大队、网警大队、情报中心、行政审批科、出入境管理大队、行动侦察大队、柯城巡特警大队（属衢州市公安局巡特警支队和柯城公安分局双重领导）、柯城区消防大队（属衢州市公安局消防支队和柯城公安分局双重领导）；6个派出机构：府山派出所、荷花派出所、城西派出所、信安派出所、石梁派出所、民航站派出所。